Szkielet stanowi podstawowe rusztowanie ciała ryby. U gatunków niżej rozwiniętych np. jesiotrów, szkielet jest chrzęstny. U ryb wyżej rozwiniętych, rusztowanie jest kostne. Składa się z kręgosłupa, żeber, kości międzymięśniowych i kości płetw, do których są przytwierdzone mięśnie płetwowe. Kręgosłup jest różnej długości. Składa się przeważnie z 40-80 kręgów; ryby o ciele bardzo wydłużonym, jak węgorz, mogą ich mieć aż 200. Ważnymi zewnętrznymi kośćmi głowy są płaskie kości wieczka skrzelowego, z którego można dokładnie odczytać wiek i wzrost ryby, szczególnie u karpia, lina i szczupaka. Ważną kością wewnętrzną w czaszce ryby jest lemiesz, będący u ryb łososiowatych cechą rozpoznawczą gatunku.

     Do wewnętrznych kości czaszki przyczepione są: łuk żuchwowy, łuk gnykowy i łuki skrzelowe. Przy spożywaniu ryb słodkowodnych ( zwłaszcza karpiowatych ) dają się nam we znaki cienkie i długie kości żebrowe, a przede wszystkim kości międzymięśniowe w kształcie litery Y, zwane ośćmi. Spotykamy je w mięśniach grzbietowych zarówno małej płotki, jak i dużego szczupaka. Właśnie z powodu ości wiele ryb spośród słodkowodnych nieznanych jest w naszej kuchni, mimo iż mięso ich jest często bardzo smaczne. Stwierdzono, że u karpia ilość ości międzymięśniowych nie jest stała i zaczęto próbować wybierać i krzyżować osobniki, u których ilość ości była mniejsza. Nie związane z kręgosłupem są kości płetw, zwane niekiedy kośćmi kończyn.